中国企业投资南非的境外投资备案申请需要遵循一定的流程。以下是一般性的概述：

一、申请流程

前期准备：了解南非的投资政策和法规，确定投资方式、金额、领域等，并准备相应的投资计划书、风险评估报告等文件。

发改委立项：向中国国家发展和改革委员会（简称发改委）或地方发改委提交境外投资立项申请，报送项目信息。境内投资人需要签署各项所需法律文件，如投资协议、合同等。待发改部门核准或备案后，会发放核准文件或备案通知书。

商务部审批发证：向商务部或地方商务部门提交境外投资申请，提交相关材料，包括企业基础材料、投资项目材料等。商务部门核准或备案后，会发放《企业境外投资证书》。企业应在收到证书2年内在南非开展投资。

外汇管理局备案：根据投资金额和规定，向国家外汇管理局或地方分局进行外汇登记备案。银行会负责外汇的放出，外汇管理局会进行监管。